解決済みの伏線
・赤井から漂う組織臭
→5年前から2年前の3年間組織に潜入捜査していたため
・赤井のいう「恋人」
→恋人＝宿敵の意味でジン、亡くした恋人というのは宮野明美
・病院に入院、現在も意識不明の組織の一員・キール
→CIAの諜報員で組織に潜入、瑛祐の実の姉で本名は本堂瑛海
・キールによく似た帝丹高校の転校生・本堂瑛祐
→姉の居場所を知るため姉にそっくりな水無怜奈を探っていた
・瑛祐の父親とカンパニー
→カンパニーはCIAの俗称、瑛祐の父親はCIAの諜報員で組織に潜り込んでいた
娘(キール)が疑われそうだったためキールに殺されたように見せかけ死亡
・瑛祐の胸の傷跡
→白血病の治療の骨髄移植の痕、この時に血液型がO型からAB型に代わった
・ベルモットとキールの謎の会話
→Non Official Cover・通称NOC(ノック)とknock(ノック)をかけた洒落
ベルモットはキールがスパイじゃないかと疑っている
・水無怜奈が小五郎に事件を依頼した理由
→小五郎の連絡先を入手し瑛祐の保護を頼むため
・女王のようなしゃべり方をする高飛車な女と猫(37巻・39巻)
→女はベルモット(猫に関しては以前不明)
・エレーナの残したテープ
→新しい薬（銀の弾丸）の研究をするために志保と別れなければならない
・火傷赤井の正体と目的
→バーボン(銀行･デパート)とベルモット(ミステリートレイン)。
赤井の死を確認するため関係者の反応を見ていた。
・世良真純
→赤井の妹
・安室透の正体
→バーボン
解決と思われる伏線
・赤井のいう「平静を装い陰で泣いていた馬鹿な女」
→赤井がFBIだと知りながら平静に振舞おうとしてた明美の事
・赤井が灰原に会えない訳
→明美が殺された原因を作ったのが自分であるから