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組織編

1巻 工藤新一、黒ずくめの二人組にに薬を飲まされ幼児化しコナンになる
2巻 宮野明美が黒ずくめの男に殺されて、
    組織のカラーがブラックであることが判明
4巻 黒ずくめの二人組みのコードネームがジンとウォッカであることが判明
6巻 工藤優作にインターポールの友人がいる
12巻 テキーラが全世界有能CPプログラマーリストを大金で入手しようとする
18巻 灰原登場
    灰原の関連施設が処分される
    広田教授宅の留守電にウォッカの声
19巻 広田教授宅でFD入手→データはウイルスにより消去
    組織の末端、逃亡中の沼淵が大阪で別の事件に利用される
24巻 新出登場(事件の結末は嘘の調書という特殊な事件)
    呑口議員の口をふさぐ為ピスコ、ベルモット登場
    毛髪からジンに灰原の存在を感づかれる
    シェリーを助ける男がいる事がジンにばれる
    ジンはシェリーがこの町を離れたと確信
    英語教師が高校に来たとの情報あり
26巻 高校の劇に新出が助力
27巻  ジョディ登場(TELで腐ったリンゴ発言)
28巻 美國島の訪問者に宮野志保と魚塚三郎、黒澤陣の名が記帳されている
29巻  ジンが秘密主義のベルモットを問いつめる
    赤井、ジョディ、新出、コナン達の乗ったバスがジャックされる
    (ジャック時にベルモットのモノローグ有り、灰原組織を感じる)
30巻 ジンが左利きであることが判明
32巻 ジェイムズ登場
33巻 佐藤刑事の見合い場所に居合わせるコナン、新出、赤井
    小五郎の関わる調書全てがバスジャックの日に盗まれた事が発覚
34巻 服部とコナンがジョディに探りを入れる
35巻 沼淵が事情聴取中に脱走(灰原組織臭感じず)
37巻 システムエンジニア板倉に2年前テキーラが会いに来ていた
    板倉の日記入手
38巻 板倉になりすましたコナンがウォッカをおびき出すも、ジンにより追跡失敗
41巻 赤井手下が灰原を尾行する
    熱のある灰原をジョディが新出のもとへ運ぶ
    灰原父の友人をコナン達が訪問する(生前宮野明美が
    訪問していた事が判明)
42巻 宮野明美の残した灰原母のカセットテープを入手
    ジョディが教師を退職
    ベルモットから小五郎と新一(コナン)宛にハロウィンパーティの招待状が届く
    ジンとウォッカがベルモットの内情を探るためハロウィンパーティに参加
    する(ウォッカのみ)
    新出が灰原を検診に誘う一方でジョディが先に灰原を連れ出す
    平次扮する新一登場で、ウォッカが新一生存を疑いジンに連絡
    新出ベルモットとジョディの対決、コナンの反撃、哀と蘭と赤井の乱入
    ベルモットがコナンを人質に逃走、その後コナン解放
    ジンがベルモットに新一について訊ねる
43巻 灰原が証人保護プログラムを断る
44巻 新出(本物)が校医として戻ってくる
45巻 ベルモットは本当に悪人なのかと疑問に思う新出、それを否定するジョディ
    コナン、携帯電話を掛けようとする本山に、ベルモットの姿が重なる
46巻 本山や山村刑事の携帯電話のプッシュ音から、ボスのメールアドレス判明
    灰原、危険だからメールアドレス使用者の割り出しはするなとコナンに言う
48巻 「七つの子」のプッシュ音から水無アナウンサーが組織の一員・キールで
    あることが発覚(その直後ジンと電話する)
    他に組織の一員、キャンティ・コルン登場
    ジン・ウォッカ・ベルモット・キール・キャンティ・コルンが
    DJなる人物の暗殺計画を実行しようとしていることを知り、
    コナン・ジョディ(FBI)が阻止しようと試みる
49巻 暗殺計画阻止は成功したが、ジンに小五郎が黒だと思われる
    キールが意識不明、FBIの監視下に置かれる
    キールによく似た本堂瑛祐が帝丹高校に転校してくる
51巻 本堂瑛祐が事件捜査中のコナンを探る素振りを見せる
53巻 本堂瑛祐がキールと同じ嘘発見法を使っていることが判明、
    またキールについての情報を得ようとする
    組織の情報を得ようとした鼠がキールを拷問したが、キールの“歯”に
    よって返り討ちにあった事が判明
56巻 本堂瑛祐の父親はカンパニーに雇われているという情報を得る
    本堂瑛祐が姉の写真を持って病院を訪れる
57巻 本堂瑛祐の血液型はO型、水無怜奈の血液型はAB型と判明
    病院に組織の仲間が潜伏、水無怜奈の意識が戻る
58巻 組織の仲間は追いつめられて自殺、組織に居場所がばれる
    水無怜奈はCIAで本堂瑛祐の姉であると判明
    赤井秀一が昔組織に潜入捜査をしていたことと、
    宮野明美と恋人であったことが判明
    組織は水無怜奈の病室をつきとめFBIが病院から脱出する時を狙う
    コナンと赤井の策により水無怜奈をわざと組織に渡す
    あの方の命令による赤井暗殺 水無怜奈は赤井を呼び出し拳銃で撃つ
59巻 水無怜奈が赤井の頭を撃ち抜く
    爆弾で赤井の車炎上、炎上した車から焼死体が発見される
    焼死体の右手の指紋とコナンの携帯に付着していた指紋が一致
60巻 瑛祐が証人保護プログラムを断りCIAに入るためアメリカに行くことを告白
    水無怜奈からの情報 コードネーム「バーボン」が動き出した
    博士の家の近くの火事現場で灰原が組織の気配を感じる
    沖矢が新一の家に住むことになる
61巻 新一の家の掃除に来た蘭と園子が沖矢と出くわす
    沖矢と新一の推理対決、勝負は引き分けに
64巻 一角岩にて灰原は沖矢から組織特有の殺気を感じる
65巻 ジョディは右頬に火傷を負った赤井に出くわすが、
    赤井はしゃべれず記憶を失っていうるよう
67巻 組織は赤井生存の疑惑を抱き米花町を監視。FBIが赤井の手がかりを
    探すため米花百貨店を訪れる。
    米花百貨店に右頬に火傷を負った赤井が現れる。同じく百貨店を訪れて
    いた沖矢が赤井の姿を発見する。
    FBIは赤井を見つけるも接触できず。組織は赤井を再び暗殺しようとするが
    失敗・撤収する。
73巻 世良真純登場。探偵と名乗り、新一・蘭のクラスに転校してくる。
74巻 世良は動画サイトで博士と一緒に映っている灰原の映像を見つける。
    沖矢昴が少年探偵団を尾行&阿笠の家でのコナンと灰原の会話を盗聴。
    キャメルは世良を見て「どこかであったような気がする」と言い、ジョディは
    世良に見覚えはないが「誰かに似てる?」と思う。
75巻 安室透(探偵)登場。
76巻 安室・世良・沖矢ニアミス。ベルモットがバーボンと連絡を取る。
    探偵事務所の近辺で、世良は知り合いらしき人物を目撃するが見失う。
    その様子を陰から火傷赤井が窺っている。
    灰原の回想 赤井「そんな顔をするんじゃ・・・命にかえても守ってやる」
77巻 沖矢と世良の対面。
    灰原が探偵団を助けるために解毒剤で元の姿に戻る。
78巻 シェリーがミステリートレイン・ベルツリー急行に乗る情報を組織が得る。
    世良=赤井の妹、安室=バーボンが判明。また沖矢=赤井を示唆。
    怪盗キッドの協力により、組織にシェリーが死んだと思わせる。